Der Bund Naturschutz hat die Standortentscheidung nun als „unverantwortlich“ bezeichnet. Die Staatsregierung müsse zuerst die Sicherheit des Zwischenlagers deutlich verbessern und hierzu ein öffentliches Verfahren durchführen. Hubert Weiger, Vorsitzender des Bund Naturschutz in Bayern e.V., sagte: „Das Zwischenlager Isar liegt in der Einflugschneise des Großflughafens München. Die Bayerische Staatsregierung muss daher zuerst die Sicherheit des Zwischenlagers Isar wirksam verbessern und hierzu ein öffentliches Verfahren durchführen. Dies ist bis heute nicht geschehen.“

Kritisiert werden auch zu dünne Wandstärken. Dadurch sei das Zwischenlager nicht ausreichend gegen einen Terrorangriff oder Flugzeugabsturz gesichert, wie Hubert Weiger betont. Die geplante Zusatzmauer um das Zwischenlager reiche nicht aus. Darüber hinaus bemängelt der Bund Naturschutz das Fehlen technischer Einrichtungen, um einen undichten Castor-Behälter reparieren zu können: „Am Zwischenlager Isar existieren keine technischen Einrichtungen, um potentiell schadhafte Castoren oder Behälter mit verglasten Atommüll-Abfällen, sogenannte Glas-Kokillen, sicher zu handhaben. Die bisherigen Einrichtungen und Genehmigungen am Standort Isar sind ausschließlich ausgelegt für abgebrannte Brennelemente aus den Atomkraftwerken Isar 1 und 2.“

Das alles verbinden die Naturschützer mit ihrer Grundsatzforderung, das Kernkraftwerk Isar II ganz abzuschalten, um keinen weiteren Atommüll zu produzieren.