Von diesen 80 islamischen Gotteshäusern und Gruppierungen werden laut dem bayerischen Innenministerium 39 besonders genau vom Verfassungsschutz beobachtet. Dazu gehören in der bayerischen Landeshauptstadt beispielsweise die El-Salam-Moschee, die Darul Quran-Moschee und das Islamische Zentrum München. In Regensburg wird die Al-Rahman-Moschee von Verfassungsschützern beobachtet, und in Nürnberg stehen die Islamische Gemeinde und die Masjid Ibn Taymiyyah-Moschee im Fokus der Behörden. Bei den auffällig gewordenen Moschee-Gemeinden würden die Beamten genau zuhören, was freitags gepredigt werde, heißt es im Ministerium.

Bayerns Ministerpräsident und CSU-Chef Horst Seehofer hält wie Herrmann die Überwachung islamistischer Aktivitäten in deutschen Moscheen für unerlässlich: „Wir wollen die Religionsfreiheit, dass das klar ist, aber nicht den Missbrauch.“

Angesichts einer weitverbreiteten Islam-Skepsis in der Bevölkerung hat sich jetzt auch der Vorsitzende der CDU/CSU-Bundestagsfraktion Volker Kauder für eine Auseinandersetzung mit dem politischen Islam in Deutschland ausgesprochen. Er sagte, in manchen Moscheen würden extremistische Predigten gehalten, die nicht im Einklang mit dem säkularen Staatsverständnis Deutschlands stünden. „Daran haben sich alle zu halten und dies müssen die Vertreter und die Angehörigen aller Religionen akzeptieren. Das mag in islamischen Staaten anders sein. In Deutschland gibt der Staat die Regeln vor“, betonte Kauder.

Nach Angaben des Bayerischen Rundfunks leben momentan etwa 450.000 Muslime in Bayern. Ob in dieser Zahl schon Zehntausende muslimische Asylbewerber berücksichtigt sind, die infolge von Angela Merkels Grenzöffnungspolitik in Bayern untergebracht wurden, oder nur Muslime mit einem dauerhaften Aufenthaltsrecht erfasst sind, ist unklar. Am 30.12.2009 meldete der Bayerische Rundfunk in einem Beitrag unter der Überschrift „Wie viel ‚Orient‘ darf es sein?“, dass es deutschlandweit 2.600 Moscheen gebe und davon etwa 400 in Bayern. Aktuellere Zahlen liegen entweder nicht vor oder werden nicht veröffentlicht.